Cultivable bacterial and fungal communities associated with a selected marine fish waste decomposition

Nurul Syakira Zainuddin

Publication:
Cultivable bacterial and fungal communities associated with a selected marine fish waste decomposition

dc.contributor.affiliation	#PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE#	en_US
dc.contributor.author	Nurul Syakira Zainuddin	en_US
dc.contributor.supervisor	Mohd Faez Sharif, PhD	en_US
dc.contributor.supervisor	Suhaila Omar, PhD	en_US
dc.date.accessioned	2024-10-09T07:47:36Z
dc.date.available	2024-10-09T07:47:36Z
dc.date.issued	2019-08
dc.description.abstract	This study was conducted to identify the fungi and bacteria associated with fish waste decomposition. The rotten fish was ground and setup in blue tank approximately 15 kg for each tank closed with net and left in the tank for 30 days to decompose. Physicochemical parameters including pH, temperature, moisture content and carbon to nitrogen (C:N) ratio were monitored throughout the process. Culture-dependent methods were used to identify the diversity of bacteria and fungi in this study. Fungi were isolated using eight different media with various compositions; potato dextrose agar, Rose Bengal agar, peptone water agar, Saboroud agar, yeast extract agar, oatmeal agar, malt extract agar and leachate medium agar while bacteria were isolated on yeast extract agar, diluted nutrient agar, leachate agar and tryptone agar. Fungal isolates were extracted using CTAB followed by 18S rRNA amplification using primers set FF390/FR1 meanwhile, PCR amplification of the 16S rRNA gene using primer sets 27F/1492R was performed directly from the bacterial colonies. Results from DNA sequencing were analyzed using BLASTn, and phylogenetic tree were constructed using ARB software. During the decomposition process, temperature of waste was in the range between 20-50°C, pH 6-8, moisture content started at 80% and reduced to 50% and C:N ratio 3-7. A total of 41 fungal isolates and 25 bacterial isolates were identified based on 18S and 16S rRNA gene respectively. For fungal isolates, the Ascomycota (91% of all sequences recovered) were the dominant phyla followed by Basidiomycota (9%). The 41 randomly isolated fungi were belonged to 22 OTUs of the genus Exophiala, Penicillium, Aspergillus, Monascus, Parengyodontium, Fusarium, Trichoderma, Chaetomium, Hypoxylon, Candida, Curvularia, Cladosporium, Paraconiothyrium, Cymatoderma and Trichosporon. From 16S gene rRNA identification and comparison, the 24 bacteria belonged to Pseudomonas, Bacillus, Enterobacter, Klebsiella, Stenotrophomonas, Alcaligenes, Acinetobacter, Streptomyces, Micrococcus, Brevundimonas, and Proteus. The utilization of different agar medium increase the possibility of isolating the diverse of fungal and bacterial community involved in fish waste decomposition.	en_US
dc.description.abstractarabic	أجريت هذه الدراسة لتحديد الفطريات والبكتيريا المرتبطة بتحلل فضلات الأسماك. تم وضع السمك الفاسد في خزانات زرقاء، بحوالي 51 كجم لكل خزان، وغطيت بالشباك وتركت في الخزانات لمدة 03 يومًا لتتحلل. تم رصد المؤشرات الفيزيائية والكيميائية، وهي درجة الحموضة، ودرجة الحرارة، ومحتوى الرطوبة، ونسبة الكربون إلى النيتروجين ) C:N ( طوال العملية. استخدمت الطرق المعتمدة على المستنبتات لتحديد تنوع البكتيريا والفطريات في هذه الدراسة. تم عزل الفطريات باستخدام ثمانية مستنبتات بتركيبات مختلفة، وهي أجار بطاطس الدكستروز، وأجار روز البنغال، وأجار الماء الببتون، وأجار سابوروود، وأجار مستخلصات الخميرة، وأجار الشوفان، وأجار مستخلصات الشعير، وأجار الليتشات، بينما تم عزل البكتريا على أجار مستخلصات الخميرة، وأجار المغذيات المخففة، وأجار الليتشات، وأجار التريبتون. تم استخراج المعزولات الفطرية باستخدام CTAB متبوعًا بتضخيم الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي ل 51 S باستخدام المجموعة البادئة FF390/FR1 ، بينما تم إجراء التضخيم بتفاعل سلسلة البوليميرات للحمض النووي الريبوزي الريبوسومي 51 S باستخدام المجموعة البادئة 27F/1492R مباشرة من المستعمرات البكتيرية. تم تحليل نتائج تسلسل الحمض النووي باستخدام برنامج BLASTn ، وتم بناء شجرة تطور السلالات باستخدام برنامج ARB . أثناء عملية التحلل تراوحت درجة حرارة النفايات بين 13 03 درجة مئوية، ودرجة الحموضة - بين 1 1 ، وبدأ محتوى الرطوبة من 13 ٪ وخفض إلى 13 ٪، وترواحت نسبة - C:N بين 7 0 . تم التعرف على 15 معزول فطري و 01 معزول بكتيري بناء على - الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي 51 S و 51 S لكل منهما. بالنسبة للمعزولات الفطرية، كانت الفطريات الزقية ) 15 ٪ من جميع المتسلسلات المحصولة( هي الشعبة المهيمنة ومن بعدها الفطريات الدعامية ) 1٪(. انتمت الفطريات ال 15 المعزولة عشوائيا إلى 00 وحدة تصنيف تشغيلية من جنس الإكسوفيالا، والبنيسيليوم، والرشاشيات، والموناسكوس، والبارينجيودونتيوم، والمغزلاوية، والتريكوديرما، والتشيتوميوم، والهيبوكسيلون، والمبيضات، والكرفولاريا، والطوقيات البوغية، والباراكونيوتايروم، والكيماتوديرما، والتريكوسبورون. من خلال التعرف والمقارنة بالحمض النووي الريبوزي الريبوسومي 16S ، انتمت البكتيريا ال 01 إلى شعب الزائفات، العصويات، الأمعائيات، والكلبسيلات، والستينوتروفوموناس، والمقليات، والراكدات، والمتسلسلات، والمكيرات، والبريفونديموناس، والمتقلبات. استخدام مستنبتات الأجار المختلفة زاد من إمكانية عزل المجمعات الفطرية والبكتيرية المتورطة في تحلل فضلات الأسماك.	en_US
dc.description.callnumber	t QR 135 N974C 2019	en_US
dc.description.degreelevel	Master	en_US
dc.description.identifier	Thesis :Cultivable bacterial and fungal communities associated with a selected marine fish waste decomposition /by Nurul Syakira binti Zainuddin	en_US
dc.description.identity	t11100417798NurulSyakiraZainuddin	en_US
dc.description.kulliyah	Kulliyyah of Science	en_US
dc.description.nationality	Malaysian	en_US
dc.description.notes	Thesis (MSBTS)--International Islamic University Malaysia, 2019.	en_US
dc.description.physicaldescription	xiv, 92 leaves : colour illustrations ; 30cm.	en_US
dc.description.programme	Master of Science (Biotechnology)	en_US
dc.identifier.uri	https://studentrepo.iium.edu.my/handle/123456789/11407
dc.identifier.url	http://studentrepo.iium.edu.my/handle/123456789/9394
dc.language.iso	en	en_US
dc.publisher	Kuantan, Pahang : Kulliyyah of Science, International Islamic University Malaysia, 2019	en_US
dc.subject.lcsh	Biodegradation	en_US
dc.subject.lcsh	Microbial biotechnology	en_US
dc.subject.lcsh	Fisheries -- By-products	en_US
dc.title	Cultivable bacterial and fungal communities associated with a selected marine fish waste decomposition	en_US
dc.type	Master Thesis	en_US
dspace.entity.type	Publication