Publication:
Screening, cloning and expression of a xylanase from palm oil mill effluent (pome) by functional metagenomics approach

dc.contributor.affiliation#PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE#en_US
dc.contributor.authorAdibah Parmanen_US
dc.contributor.supervisorHamzah Mohd. Salleh, Ph.Den_US
dc.contributor.supervisorIbrahim Ali Noorbatcha, Ph.Den_US
dc.date.accessioned2024-10-08T03:17:33Z
dc.date.available2024-10-08T03:17:33Z
dc.date.issued2020
dc.description.abstractMetagenomics approach is an alternative method to study the novel enzyme. Therefore, a metagenomic fosmid library of approximately 50,000 clones was screened to identify the novel xylanase enzymes. The metagenomics deoxyribonucleic acid (DNA) used in this study is from the samples of palm oil mill effluent (POME) from Felda Palm Industry Sdn. Bhd. in Mempaga, Pahang. Clones of the metagenomics were screened using fluorescence substrate of chlorocoumarin xylobioside. The high score reads obtained from screening were sent for next-generation sequencing (NGS) of Illumina HiSeq2000. The sequences were further analysed to identify the predicted xylanase genes using automated and manual bioinformatic tools. A total of 34 predicted xylanases were identified, and five predicted xylanase genes #11, #15, #16, #17, and #18 of various microbial origins were chosen to be further analysed. The translated sequences of these five genes later were analysed to determine the primary, secondary, and tertiary protein structures in predicting feature and function of predicted xylanases. Next, based on the integrity checking in agarose gel electrophoresis (GE), Gene #15 with approximately 1.2 kb was chosen to be cloned into the pBAD-TOPO vector. Gene #15 has the percentage identity of 99.3% to the Ochrobactrum intermedium with glycoside hydrolase (GH) 10 as the conserved domain. After cloning, pBAD-TOPO-Xyl was used to transform E. coli cells and expressed using the inducer, L-arabinose. Protein #15 (P15) was later purified using immobilised metal affinity chromatography (IMAC), and the molecular mass of SDS-PAGE of approximately 46 kDa was confirmed. The P15 also fluoresced when checked with chlorocoumarin xylobioside substrate, which suggests the protein is a xylanase enzyme.en_US
dc.description.abstractarabicيعتبر نهج الميتاجينوميات (دراسة المادة الوراثية) طريقة بديلة ومبتكرة لدراسة الإنزيمات. لذلك تم فحص مكتبة فوزميد للمادة الجينية (ميتاجينومية) لحوالي 50.000 استنساخ لتحديد إنزيمات الزيلانيز الجديدة. وتم استخلاص الحمض النووي الريبوزي منزوع الأكسجين من عينات من المرتجع السائل لمعاصر زيت النخيل (POME) من شركة فِلدا للتنمية المستدامة في صناعة النخيل بمدينة ممفاجا في ولاية باهانج بماليزيا. وتم فحص استنساخ الجينات الوراثية (الميتاجينومية) باستخدام مادة الكلوروكيومارين المشعة (Chloro-coumarin xylo-bioside). وتم إرسال القراءات العالية التي تم الحصول عليها من الفحص لدراسة التسلسل الجيني للجيل التالي (NGS) من Illumina HiSeq2000. وتم تحليل المتواليات بشكل أكبر لتحديد جينات انزيم الزيلانيز المتوقعة باستخدام أدوات المعلوماتية الحيوية الآلية واليدوية. وتم تحديد ما مجموعه 34 جين متوقع لإنزيم الزيلانيز، وكذلك تم اختيار خمسة جينات زيلانيز متوقعة . وأيضاً تم اختيار #11 و #15 و #16 و #17 و #18 جينات من الأصول الميكروبية المختلفة لمزيد من الفحص والتحليل. وتم تحليل المتواليات المترجمة لهذه الجينات الخمسة في وقت لاحق لتحديد تراكيب البروتين الأولية والثانوية والثالثية في التنبؤ بسمات ووظائف إنزيمات الزيلانيز المتوقعة. وبعد ذلك، واستنادًا إلى فحص السلامة في الرحلان الكهربائي للهلام (GE) ، تم اختيار الجين رقم #15 مع حوالي 1.2 كيلوبايت لاستنساخه في ناقل pBAD-TOPO. ويمتلك الجين رقم #15 نسبة مئوية 99.3٪ (Ochrobactrum intermedium) مع جليكوسيد الهيدروليز 10 (GH) كمجال محفوظ. وبعد الاستنساخ، تم استخدام pBAD-TOPO-Xyl لتحويل خلايا E. coli وتم التعبير عنه باستخدام المحرض، L-arabinose. وتم تنقية البروتين رقم #15 (P15) لاحقًا باستخدام كروماتوغرافيا تقارب المعدن المُثبت (IMAC) ، وتم تأكيد الكتلة الجزيئية لـ SDS-PAGE التي تبلغ 46 كيلو دالتون تقريبًا. واتضح أن البروتين P15 أيضًا مشع عند فحصه مع مادة الكلوروكيومارين (Chloro-coumarin xylo-bioside) كركيزة للتفاعل (substrate) ، مما يشير ويؤكد أن البروتين هو إنزيم زيلانيز.en_US
dc.description.identifierThesis : Screening, cloning and expression of a xylanase from palm oil mill effluent (pome) by functional metagenomics approach /by Adibah binti Parmanen_US
dc.description.identityt11100427929AdibahBintiParmanen_US
dc.description.kulliyahKulliyyah of Engineeringen_US
dc.description.nationalityMalaysianen_US
dc.description.notesThesis (MSBTE)--International Islamic University Malaysia, 2020.en_US
dc.description.physicaldescriptionxv, 99 leaves : illustrations ; 30cm.en_US
dc.description.programmeMaster of Science (Biotechnology Engineering)en_US
dc.identifier.urihttps://studentrepo.iium.edu.my/handle/123456789/7067
dc.language.isoenen_US
dc.publisherKuala Lumpur : Kulliyyah of Engineering, International Islamic University Malaysia, 2020en_US
dc.titleScreening, cloning and expression of a xylanase from palm oil mill effluent (pome) by functional metagenomics approachen_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dspace.entity.typePublication

Files

Original bundle

Now showing 1 - 2 of 2
Loading...
Thumbnail Image
Name:
t11100427929AdibahBintiParman_24.pdf
Size:
312 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
24 pages file
Loading...
Thumbnail Image
Name:
t11100427929AdibahBintiParman_SEC.pdf
Size:
3.2 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Full text secured file

License bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Plain Text
Description:

Collections